Pada hari Selasa, 29hb. Oktober 1963 bertempat di Dewan Tunku Abdul Rahman, Jalan Ampang, Kuala Lumpur, Jabatan Kastam dan Eksais dianugerahkan gelaran Diraja oleh DYMM Seri Paduka Baginda Yang Di Pertuan Agong.Ini adalah sebagai satu penghormatan Kerajaan di atas sumbangan Jabatan terhadap negara. Ia merupakan antara detik paling penting dalam sejarah perkembangan Jabatan Kastam dan Eksais Diraja Malaysia.

Dengan kemasukan Sabah, Sarawak dan Singapura ke dalam Persekutuan Malaysia pada 16hb. September 1963, maka sekali lagi struktur pentadbiran Jabatan Kastam dan Eksais disusun semula untuk membolehkan keseragaman dilakukan. Jabatan Kastam telah dibahagi kepada tiga wilayah utama iaitu Semenanjung Malaysia (ketika itu dikenali sebagai Malaysia Barat), Sabah dan Sarawak, di mana setiap wilayah diketuai oleh seorang Pengawal Kastam Wilayah (Regional Comptroller of Customs and Excise).

Pindaan pada Ordinan Kastam, 1952 yang berkuatkuasa pada 1 Oktober 1964 telah memansuhkan jawatan Pegawai Hasil (Revenue Officer) dan Pegawai Kastam Muda (Junior Customs Officer), dan memperkenalkan jawatan Pegawai Kastam (Customs Officer), Pegawai Kastam Kanan (Senior Customs Officer) dan Pegawai Kastam Tinggi (Chief Customs Officer). Selain itu, pindaan ini juga mewujudkan jawatan Penolong Penguasa Kastam (Assistant Superintendent of Customs) dan Penguasa Kastam (Superintendent of Customs).

Pada tahun 1964 juga menyaksikan semua pegawai kastam yang berkhidmat adalah anak tempatan apabila dua orang pegawai Inggeris yang terakhir menamatkan tempoh perkhidmatan mereka.

Walaupun Semenanjung Malaysia, Sabah dan Sarawak terkandung dalam Persekutuan Malaysia, namun masing-masing masih bergerak di bawah Ordinan-Ordinan Kastam dan Perintah Duti yang berasingan. Ini memberi kesan kepada pergerakan barangan di antara sebuah wilayah ke wilayah yang lain. Pergerakan barangan tidak dapat dilaksanakan dengan mudah disebabkan oleh perbezaan tersebut. Ekoran daripada masalah ini, maka pengawal bagi ketiga-tiga wilayah telah bertemu pada pertengahan tahun 1967.

Hasil daripada perjumpaan tersebut telah melahirkan sebuah Akta Kastam No. 62, Tahun 1967 yang memberikan seluruh Malaysia satu undang-undang kastam yang tunggal. Susulan daripada itu Jawatan- kuasa Cukai Tidak Langsung di Perbendaharaan telah giat menyediakan sebuah tarif bersama untuk ketiga-tiga wilayah ini.

Pada tahun 1972 Jabatan Kastam dan Eksais Diraja Malaysia telah terlibat dengan penyusunan semula pentadbiran berikutan dengan laporan seorang pakar daripada Tabung Kewangan Antarabangsa (International Monetary Fund). Pada 1 Ogos 1972, nama jawatan ketua bagi Jabatan Kastam telah diubah kepada Ketua Pengarah Kastam (Director General of Customs and Excise); dan dua jawatan baru telah diwujudkan iaitu Timbalan Ketua Pengarah Kastam (Pelaksanaan) dan Timbalan Ketua Pengarah Kastam (Pengurusan). Mulai tarikh tersebut juga, jawatan Pengawal Kastam Wilayah (Malaysia Barat) telah dimansuhkan dan digantikan dengan tiga Pengarah Kastam Kawasan sebagai ketua bagi tiap-tiap satu kawasan, iaitu utara, tengah dan selatan yang sebelum itu diketuai oleh Penolong Kanan Pengarah Kastam.

Pada tahun 1972 juga, satu perundangan hasil yang dinamakan Akta Cukai Jualan, 1972 telah diisytiharkan dalam Warta Kerajaan sebagai Akta 64 Undang-Undang Malaysia dan mula berkuatkuasa pada 29 Februari 1972. Cukai yang dikenali sebagai Cukai Jualan ini dikenakan ke atas semua barangan import dan buatan tempatan, melainkan barang-barang yang dikecualikan di bawah Perintah Cukai Jualan (Pengecualian), 1972, atau yang dibuat oleh pengilang-pengilang yang dikecualikan daripada dilesenkan di bawah Perintah Cukai Jualan (Pengecualian Daripada Pelesenan), 1972.

Seterusnya pada tahun 1975, Kerajaan telah memperkenalkan satu lagi undang-undang yang dipanggil Akta Cukai Perkhidmatan, 1975. Ini membolehkan Jabatan memungut cukai perkhidmatan daripada tempat perniagaan yang ditetapkan yang menyediakan perkhidmatan dan barangan yang dikenakan cukai di bawah Jadual Kedua, Peraturan Cukai Perkhidmatan, 1975.

Penguatkuasaan Akta Levi Kenderaan bermula daripada 1 Januari 1984 juga telah menyumbang dalam meningkatkan pungutan hasil Jabatan. Dengan penguatkuasaan tersebut, setiap kenderaan yang membawa barangan tertentu yang meninggalkan atau memasuki negara sama ada membawa barangan atau yang kosong, (melainkan yang dikecualikan) dikenakan bayaran levi.

Sehingga tahun 1977, walaupun Malaysia telah 14 tahun wujud, masih terdapat beberapa undang-undang kecil di tiga Wilayah Kawalan Kastam yang beroperasi secara berasingan. Kajian telah dibuat supaya satu undang-undang sahaja dipakai di Wilayah Semenanjung Malaysia, Sabah dan Sarawak. Gerakan tersebut dinamakan Gerakan Harmonisasi. Faedah pertama yang dihasilkannya ialah pergerakan barang-barang dari satu wilayah ke wilayah lain tidak lagi dianggap sebagai import atau eksport; dan cukai ke atas sesuatu barangan hanya dibayar sekali sahaja, iaitu apabila pertama kali barangan itu diimport atau dieksport daripada Malaysia. Ini bermakna perdagangan antara wilayah-wilayah dapat berjalan dengan bebas dan lancar.

Pada 19 Disember 1977, Pulau Pinang diisytiharkan termasuk dalam Kawasan Utama Kastam. Dengan itu taraf Pulau Pinang sebagai pelabuhan bebas telah dimansuhkan. Jabatan juga telah menggunakan Sistem Unit Antarabangsa (SI) iaitu penggunaan sistem metrik dalam sistem sukatan, yang berkuatkuasa pada 1 Januari 1978 melalui Perintah Duti Kastam, 1978.

Pada tahun 1979, Jabatan Kastam telah menyusun semula struktur organisasinya. Jabatan Kastam terus diketuai oleh Ketua Pengarah Kastam. Beliau kini dibantu oleh tiga orang Timbalan Ketua Pengarah Kastam yang bertanggungjawab ke atas program-program Pelaksanaan, Pencegah, serta Pengurusan dan Dasar. Struktur organisasi di peringkat Ibu Pejabat disusun mengikut kawasan aktiviti di mana setiap aktiviti diketuai oleh seorang Pengarah Kastam. Aktiviti-aktiviti tersebut ialah Bahagian Pencegah, Kastam, Cukai Dalam Negeri, Penyelidikan, Perancangan dan Latihan, Pungutan Hasil serta Pentadbiran Am dan Kewangan. Begitu juga di peringkat negeri di mana semua negeri dalam Persekutuan Malaysia diketuai oleh Pengarah Kastam. Selain itu, Jabatan juga mempunyai sebuah stesen di Singapura yang ditadbir oleh Pemungut Cukai Kastam Persekutuan.

Tahun 1983 mencatat sejarah apabila julung-julung kali Jabatan Kastam dan Eksais Diraja Malaysia merayakan Hari Kastam Sedunia. Tarikh 26 Januari dipilih bersempena ulang tahun ke 30 penubuhan Majlis Kerjasama Kastam (sekarang dikenali sebagai Pertubuhan Kastam Sedunia, atau ringkasnya WCO). Sambutan Hari Kastam yang pertama ini telah dilancarkan oleh YB Menteri Kewangan Malaysia di perkarangan Maktab Latihan Kastam dan Eksais Diraja Malaysia (sekarang dikenali sebagai Akademi Kastam Diraja Malaysia).

Tahun 1987 pula telah mengisytiharkan perpisahan Langkawi dari Kawasan Utama Kastam, dan menjadikannya sebuah pelabuhan bebas yang kedua di Malaysia selepas Labuan. Penganugerahan taraf pelabuhan bebas kepada Langkawi mulai 1 Januari 1987 adalah bertujuan untuk menggalakkan industri pelancongan di Langkawi (yang belum diusahakan dengan sewajarnya), dan dengan itu dapat meningkatkan taraf hidup penduduk-penduduk setempat.

Sistem penjenisan barang-barang dagangan di Malaysia telah membuka lembaran baru mulai 1 Januari 1988. Mulai tarikh tersebut, bermula sejarah penggunaan sistem nomenklatur baru yang diberi nama Pengharmonian Sistem Pemerihalan dan Pengekodan Komoditi, atau ringkasnya dipanggil Sistem Berharmonis. (Dalam Bahasa Inggeris, sistem baru ini disebut The Harmonised Commodity Description and Coding System, ringkasnya Harmonised System). Penggubalan Sistem Berharmonis adalah bertujuan untuk mewujudkan satu sistem nomenklatur yang standard dan universal, sejajar dengan perkembangan teknologi moden dan kemajuan perdagangan antarabangsa.

Dalam menghadapi kemajuan dunia perdagangan di dalam dan luar negeri yang amat pesat, peranan Jabatan sentiasa tercabar. Bagi melengkapkan Jabatan dengan keperluan tenaga kerja selaras dengan perkembangan ini, peningkatan tahap pengetahuan, kemahiran dan keupayaan petugas-petugas Jabatan adalah sangat penting. Antara langkah utama ke arah pencapaian ini ialah dengan memajukan Maktab Kastam Diraja Malaysia yang telahpun ditubuhkan sejak bulan Ogos 1956 (sebelum itu dikenali sebagai Pusat Latihan Kastam Persekutuan, Sekolah Latihan Kastam Persekutuan dan Maktab Latihan Kastam Diraja).

Setelah beberapa tahun melalui proses kajian dan perancangan, maka pada tahun 1989, maktab ini telah diperbesarkan. Kini ia dikenali sebagai Akademi Kastam Diraja Malaysia, atau ringkasnya AKMAL yang membawa maksud "lebih sempurna".

Bermula 1 Januari 1990 tercatat satu lagi peristiwa dalam sejarah perkastaman negara. Negeri Perlis diwujudkan sebagai satu pentadbiran kastam yang baru. Sebelum tarikh itu, Kastam Perlis diletakkan di bawah pentadbiran Pengarah Kastam Negeri Kedah/Perlis beribu pejabat di Alor Setar, Kedah. Dengan penubuhan pentadbiran kastam baru ini segala kegiatan dan urusan perkastaman di negeri Perlis dapat dilaksanakan dengan lebih licin lagi.

Sekali lagi pada tahun 1995, Jabatan Kastam dan Eksais Diraja Malaysia telah menyusun semula struktur organisasinya. Jawatan tertinggi masih dikekalkan di mana Jabatan terus diketuai oleh Ketua Pengarah Kastam dan dibantu oleh tiga orang Timbalan, yang bertanggungjawab ke atas Program Pelaksanaan, Pencegahan dan Pengurusan. Satu program baru telah diperkenalkan, iaitu Program Perancangan dan Pembangunan Korporat. Bagaimanapun program ini hanya terdapat di peringkat Ibu Pejabat. Selaras dengan itu, aktiviti-aktiviti perkastaman di Ibu Pejabat juga disusun seperti berikut:-

Setiap aktiviti ini diketuai oleh seorang Pengarah Kastam. Jawatan Pengarah Kastam di negeri-negeri masih dikekalkan. Begitu juga dengan jawatan Pemungut Cukai Kastam Persekutuan di Singapura dan Menteri Penasihat Kastam di Brussels, Belgium. Di samping itu, bagi menambah keberkesanan tugas Jabatan, Unit Perhubungan Awam, Unit Audit Dalam dan Hal Ehwal Perundangan diletakkan terus di bawah Ketua Pengarah Kastam.

Pada 23 Oktober 1998, YAB Perdana Menteri yang juga merupakan Menteri Kewangan I ketika itu, dalam ucapan Belanjawan 1999 di Dewan Rakyat telah mengumumkan satu levi ke atas keuntungan luar biasa yang dikenakan mulai 1 Januari 1999 bertujuan membantu kerajaan memperoleh hasil tambahan. Keuntungan luar biasa ialah satu keuntungan yang terlebih yang didapati apabila harga jualan yang tinggi diperolehi berikutan kejatuhan nilai Ringgit ekoran kegawatan ekonomi yang melanda negara sejak pertengahan tahun 1997. Barangan pertama yang dikenakan levi ini ialah minyak sawit mentah di mana levi akan dikenakan apabila harganya melebihi RM2,000.00 setan.